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Auteur Restrepo-Ortiz, C.X.; Auguet, J.C.; Casamayor, E.O.
Titre Targeting spatiotemporal dynamics of planktonic SAGMGC-1 and segregation of ammonia-oxidizing thaumarchaeota ecotypes by newly designed primers and quantitative polymerase chain reaction Type Article scientifique
Année 2014 Publication Revue Abrégée Environmental Microbiology
Volume 16 Numéro 3 Pages 689-700
Mots-Clés
Résumé The annual dynamics of three different ammonia-oxidizing archaea (AOA) ecotypes (amoA gene) and of the SAGMGC-1 (Nitrosotalea-like aquatic Thaumarchaeota) group (16S rRNA gene) were studied by newly designed specific primers and quantitative polymerase chain reaction analysis in a deep oligotrophic high mountain lake (Lake Redon, Limnological Observatory of the Pyrenees, Spain). We observed segregated distributions of the main AOA populations, peaking separately in time and space, and under different ammonia concentrations and irradiance conditions. Strong positive correlation in gene abundances was found along the annual survey between 16S rRNA SAGMAGC-1 and one of the amoA ecotypes suggesting the potential for ammonia oxidation in the freshwater SAGMAGC-1 clade. We also observed dominance of Nitrosotalea-like ecotypes over Nitrosopumilus-like (Marine Group 1.1a) and not the same annual dynamics for the two thaumarchaeotal clades. The fine scale segregation in space and time of the different AOA ecotypes indicated the presence of phylogenetically close but ecologically segregated AOA species specifically adapted to specific environmental conditions. It remains to be elucidated what would be such environmental drivers.
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Auteur institutionnel Thèse
Editeur Lieu de Publication Éditeur
Langue Langue du Résumé Titre Original
Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé
Volume de collection (down) Numéro de collection Edition
ISSN ISBN Médium
Région Expédition Conférence
Notes Approuvé pas de
Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 1313
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Auteur Chaboud, C.
Titre Economie des pêches Type Chapitre de livre
Année 2014 Publication Revue Abrégée
Volume Numéro Pages 277-344
Mots-Clés Amenagement Des Peches; Demande; Economie De Marche; Economie Des Peches; Effort De Peche; Gestion Des Peches; Groupe D'Age; Modele Bioeconomique; Modelisation; Prix; Ressources Halieutiques
Résumé
Adresse
Auteur institutionnel Thèse
Editeur Iste Lieu de Publication Londres Éditeur Monaco, A.; Prouzet, P.
Langue fre Langue du Résumé Titre Original
Éditeur de collection Titre de collection Mer et Océan Titre de collection Abrégé Valorisation et économie des ressources marines
Volume de collection (down) Numéro de collection Edition
ISSN ISBN 9781784050 Médium
Région Expédition Conférence
Notes Approuvé pas de
Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 1316
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Auteur Chaboud, C.
Titre Fisheries economics Type Chapitre de livre
Année 2014 Publication Revue Abrégée
Volume Numéro Pages 153-231
Mots-Clés
Résumé
Adresse
Auteur institutionnel Thèse
Editeur Iste Lieu de Publication Londres Éditeur Monaco, A.; Prouzet, P.
Langue eng Langue du Résumé Titre Original
Éditeur de collection Titre de collection ISTE Oceanography and Marine Biology Series : Seas and Oceans Set Titre de collection Abrégé Value and economy of marine resources
Volume de collection (down) Numéro de collection Edition
ISSN ISBN 9781848217 Médium
Région Expédition Conférence
Notes Approuvé pas de
Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 1317
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Auteur Collos, Y.; Jauzein, C.; Hatey, E.
Titre Particulate carbon and nitrogen determinations in tracer studies: The neglected variables Type Article scientifique
Année 2014 Publication Applied Radiation and Isotopes Revue Abrégée
Volume 94 Numéro Pages 14-22
Mots-Clés Suspended particulate matter; Carbon; Nitrogen; Adsorption; Material loss; Phytoplankton
Résumé Abstract

We address two issues in the determination of particulate carbon and nitrogen in suspended matter of aquatic environments. One is the adsorption of dissolved organic matter on filters, leading to overestimate particulate matter. The second is the material loss during filtration due to fragile algal cells breaking up. Examples from both laboratory cultures and natural samples are presented. We recommend using stacked filters in order to estimate the first and filtering different volumes of water in order to evaluate the second.
Adresse
Auteur institutionnel Thèse
Editeur Lieu de Publication Éditeur
Langue Langue du Résumé Titre Original
Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé
Volume de collection (down) Numéro de collection Edition
ISSN 0969-8043 ISBN Médium
Région Expédition Conférence
Notes Approuvé pas de
Numéro d'Appel MARBEC @ alain.herve @ collection 1318
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Auteur Mari, X.; Lefevre, J.; Torreton, J.P.; Bettarel, Y.; Pringault, O.; Rochelle-Newall, E.; Marchesiello, P.; Menkes, C.; Rodier, M.; Migon, C.; Motegi, C.; Weinbauer, M.G.; Legendre, L.
Titre Effects of soot deposition on particle dynamics and microbial processes in marine surface waters Type Article scientifique
Année 2014 Publication Revue Abrégée Global Biogeochemical Cycles
Volume 28 Numéro 7 Pages 662-678
Mots-Clés aerosols; black carbon; coral-reef lagoon; dissolved organic-matter; new-caledonia; ocean; Sea; sediments; size spectra; tep
Résumé Large amounts of soot are continuously deposited on the global ocean. Even though significant concentrations of soot particles are found in marine waters, the effects of these aerosols on ocean ecosystems are currently unknown. Using a combination of in situ and experimental data, and results from an atmospheric transport model, we show that the deposition of soot particles from an oil-fired power plant impacted biogeochemical properties and the functioning of the pelagic ecosystem in tropical oligotrophic oceanic waters off New Caledonia. Deposition was followed by a major increase in the volume concentration of suspended particles, a change in the particle size spectra that resulted from a stimulation of aggregation processes, a 5% decrease in the concentration of dissolved organic carbon (DOC), a decreases of 33 and 23% in viral and free bacterial abundances, respectively, and a factor similar to 2 increase in the activity of particle-attached bacteria suggesting that soot introduced in the system favored bacterial growth. These patterns were confirmed by experiments with natural seawater conducted with both soot aerosols collected in the study area and standard diesel soot. The data suggest a strong impact of soot deposition on ocean surface particles, DOC, and microbial processes, at least near emission hot spots.
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Auteur institutionnel Thèse
Editeur Lieu de Publication Éditeur
Langue English Langue du Résumé Titre Original
Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé
Volume de collection (down) Numéro de collection Edition
ISSN 0886-6236 ISBN Médium
Région Expédition Conférence
Notes Approuvé pas de
Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 554
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