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Auteur Liess, A.; Faithfull, C.; Reichstein, B.; Rowe, O.; Guo, J.; Pete, R.; Thomsson, G.; Uszko, W.; Francoeur, S.N. url  doi
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  Titre Terrestrial runoff may reduce microbenthic net community productivity by increasing turbidity: a Mediterranean coastal lagoon mesocosm experiment Type Article scientifique
  Année 2015 Publication Revue Abrégée Hydrobiologia  
  Volume 753 Numéro 1 Pages 205-218  
  Mots-Clés Bacteria; Dissolved organic carbon (DOC); Ecology; Enclosure experiment; Freshwater & Marine Ecology; Microbenthos; Nutrient subsidy; Terrestrial subsidy; Zoology  
  Résumé  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue en Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 0018-8158, 1573-5117 ISBN Médium  
  Région (up) Expédition Conférence  
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  Numéro d'Appel MARBEC @ alain.herve @ collection 1338  
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Auteur Rivera-Ingraham, G.A.; Espinosa, F.; Krock, B. url  doi
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  Titre Presence of Gamma-Aminobutyric Acid (Gaba) in the Pedal Mucus of the Critically Endangered Species Patella ferruginea Type Article scientifique
  Année 2015 Publication Revue Abrégée J Chem Ecol  
  Volume 41 Numéro 5 Pages 501-504  
  Mots-Clés Agriculture; Biochemistry, general; Biological Microscopy; Chemical cues; Ecology; Entomology; Limpet; Mucus; Recruitment  
  Résumé  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue en Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 0098-0331, 1573-1561 ISBN Médium  
  Région (up) Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ alain.herve @ collection 1342  
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Auteur Courbin, N.; Besnard, A.; Peron, C.; Saraux, C.; Fort, J.; Perret, S.; Tornos, J.; Gremillet, D. doi  openurl
  Titre Short-term prey field lability constrains individual specialisation in resource selection and foraging site fidelity in a marine predator Type Article scientifique
  Année 2018 Publication Revue Abrégée Ecol. Lett.  
  Volume 21 Numéro 7 Pages 1043-1054  
  Mots-Clés behavior; Behavioural consistency; Calonectris diomedea; diet; ecology; foraging site fidelity; gannets; habitat selection; mediterranean sea; models; movement; resource selection; Scopoli's shearwater; seabirds; strategies; temporal resource dynamic; Western Mediterranean  
  Résumé Spatio-temporally stable prey distributions coupled with individual foraging site fidelity are predicted to favour individual resource specialisation. Conversely, predators coping with dynamic prey distributions should diversify their individual diet and/or shift foraging areas to increase net intake. We studied individual specialisation in Scopoli's shearwaters (Calonectris diomedea) from the highly dynamic Western Mediterranean, using daily prey distributions together with resource selection, site fidelity and trophic-level analyses. As hypothesised, we found dietary diversification, low foraging site fidelity and almost no individual specialisation in resource selection. Crucially, shearwaters switched daily foraging tactics, selecting areas with contrasting prey of varying trophic levels. Overall, information use and plastic resource selection of individuals with reduced short-term foraging site fidelity allow predators to overcome prey field lability. Our study is an essential step towards a better understanding of individual responses to enhanced environmental stochasticity driven by global changes, and of pathways favouring population persistence.  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue English Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 1461-023x ISBN Médium  
  Région (up) Expédition Conférence  
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  Numéro d'Appel MARBEC @ alain.herve @ collection 2380  
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Auteur Thiebault, A.; Dubroca, L.; Mullers, R.H.E.; Tremblay, Y.; Pistorius, P.A. doi  openurl
  Titre “M2B” package in R: Deriving multiple variables from movement data to predict behavioural states with random forests Type Article scientifique
  Année 2018 Publication Revue Abrégée Methods Ecol. Evol.  
  Volume 9 Numéro 6 Pages 1548-1555  
  Mots-Clés Cape gannet; classification; ecology; fisheries; gps; local enhancement; machine learning; onboard observers; social interactions; video cameras  
  Résumé 1. The behaviour of individuals affect their distributions and is therefore fundamental in determining ecological patterns. While, the direct observation of behaviour is often limited due to logistical constraints, collection of movement data has been greatly facilitated through the development of bio-logging. Movement data obtained through tracking instrumentation may potentially constitute a relevant proxy to infer behaviour. 2. To infer behaviour from movement data is a key focus within the “movement ecology” discipline. Statistical learning constitutes a number of methods that can be used to assess the link between given variables from a fully informed training dataset and then predict the values on a non-informed variable. We chose the random forest algorithm for its high prediction accuracy and its ease of implementation. The strength of random forest partly lies in its ability to handle a very large number of variables. Our methodology is accordingly based on the derivation of multiple predictor variables from movement data over various temporal scales, to capture as much information as possible from changes and variations in movement. 3. The methodology is described in four steps, using examples on foraging seabirds and fishing vessels for illustration. The models showed very high prediction accuracy (92%-97%), thereby confirming the influence of behaviour on movement decisions and demonstrating the ability to derive multiple variables from movement data to predict behaviour with random forests. 4. The codes developed for this methodology are published in the “M2B” (Movement to Behaviour) R package, available at https://CRAN.R-project.org/package=m2b. They can be used and adapted to datasets where movement was sampled from a wide range of taxa, sampling schemes or tracking devices. Observations are needed for a subset of the data, but once the model is trained, it can be used on any dataset with similar movement data.  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue English Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 2041-210x ISBN Médium  
  Région (up) Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ alain.herve @ collection 2382  
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Auteur Combe, M.; Bouvier, T.; Pringault, olivier.; Rochelle-Newall, E.; Bouvier, C.; Agis, M.; Pham, V.T.; Torreton, J.-P.; Chu, V.T.; Bettarel, Y. url  doi
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  Titre Freshwater prokaryote and virus communities can adapt to a controlled increase in salinity through changes in their structure and interactions Type Article scientifique
  Année 2013 Publication Revue Abrégée Estuarine Coastal and Shelf Science  
  Volume 133 Numéro Pages 58-66  
  Mots-Clés Virus; estuaries; lysogeny; microbial ecology; prokaryote; salinity; tropical aquatic ecosystems  
  Résumé  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 0272-7714 ISBN Médium  
  Région (up) Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 592  
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