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Auteur Tisseuil, C.; Leprieur, F.; Grenouillet, G.; Vrac, M.; Lek, S. url  doi
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  Titre Projected impacts of climate change on spatio-temporal patterns of freshwater fish beta diversity: a deconstructing approach Type Article scientifique
  Année 2012 Publication Revue Abrégée Global Ecology and Biogeography  
  Volume 21 Numéro 12 Pages 1213-1222  
  Mots-Clés Beta diversity; France; ensemble forecasting; freshwater fish; nestedness; species distribution model; temporal changes; turnover  
  Résumé  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue (up) Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 1466-8238 ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
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  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 799  
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Auteur Le Chevanton, M.; Garnier, M.; Bougaran, G.; Schreiber, N.; Lukomska, E.; Bérard, J.B.; Fouilland, E.; Bernard, O.; Cadoret, J.P. url  doi
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  Titre Screening and selection of growth-promoting bacteria for Dunaliella cultures Type Article scientifique
  Année 2013 Publication Revue Abrégée Algal Research  
  Volume 2 Numéro Pages 212-222  
  Mots-Clés Bacterial diversity; Dunaliella; Interaction; bacteria; microalgae  
  Résumé  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue (up) Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 2211-9264 ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
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  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 815  
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Auteur Potier, M.; Bach, P.; Ménard, F.; Marsac, F. url  doi
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  Titre Influence of mesoscale features on micronekton and large pelagic fish communities in the Mozambique Channel Type Article scientifique
  Année 2014 Publication Revue Abrégée Deep-Sea Research Part II.Topical Studies in Oceanography  
  Volume 100 Numéro No spécial Pages 184-199  
  Mots-Clés Biodiversity; Mid-water trawl; Mozambique Channel; Oceanic eddies; Pelagic longline; Stomach contents  
  Résumé We investigated the diversity and distribution of two communities, micronekton organisms and large predatory fishes, sampled in mesoscale features of the Mozambique Channel from 2003 to 2009, by combining mid-water trawls, stomach contents of fish predators and instrumented longline fishing surveys. The highest species richness for assemblages was found in divergences and fronts rather than in the core of eddies. Despite an unbalanced scheme, diversity indices did not differ significantly between cyclonic and anticyclonic eddies, divergences and fronts. We found that eddies and associated physical cues did not substantially affect the distribution of micronektonic species which are mainly driven by the diel vertical migration pattern. Top predators exhibited a more complex response. Swordfish (Xiphias gladius) associated better with mesoscale features than tunas, with a clear preference for divergences which is consistent with the diel vertical migrations and occurrence of its main prey, the flying squids Sthenoteuthis oualaniensis (Ommastrephidae). On the other hand, the probability of presence of yellowfin tuna was not tied to any specific eddy structure. However, the highest values of positive yellowfin CPUEs were associated with low horizontal gradients of sea-level anomalies. We also showed a non-linear response of positive yellowfin CPUEs with respect to the depth of the minimal oxygen content. The larger the distance between the hooks and the minimal oxygen layer, towards the surface or at greater depths, the higher the CPUE, highlighting that yellowfin congregated in well-oxygenated waters. Micronekton sampled by mid-water trawls and stomach contents exhibited different species composition. The highly mobile organisms were not caught by trawling whereas they remain accessible to predators. The combination of stomach contents and mid-water trawls undoubtedly improved our understanding of the micronekton assemblage distribution. Our results provide some evidence that mesoscale features in the Mozambique Channel do not strongly affect the distribution of the mid-trophic level organisms such as micronekton and most of the large predatory fishes, and hypotheses are proposed to support this result.  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur Barlow, R.; Marsac, F.; Ternon, J.-F.; Roberts, M.  
  Langue (up) Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 0967-0645 ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
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  Numéro d'Appel LL @ pixluser @ collection 369  
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Auteur ARNAUD-HAOND, S.; MOALIC, Y.; HERNANDEZ-GARCIA, E.; EGUILUZ, V.M.; ALBERTO, F.; SERRAO, E.A.; DUARTE, C.M. url  openurl
  Titre Disentangling the Influence of Mutation and Migration in Clonal Seagrasses Using the Genetic Diversity Spectrum for Microsatellites Type Article scientifique
  Année 2014 Publication Revue Abrégée Journal Of Heredity  
  Volume 105 Numéro 4 Pages 532-541  
  Mots-Clés clonality; genetic divergence; Genetic Diversity Spectrum; microsatellites; Seagrass; stepwise mutation  
  Résumé The recurrent lack of isolation by distance reported at regional scale in seagrass species was recently suggested to stem from stochastic events of large-scale dispersal. We explored the usefulness of phylogenetic information contained in microsatellite loci to test this hypothesis by using the Genetic Diversity Spectrum (GDS) on databases containing, respectively, 7 and 9 microsatellites genotypes for 1541 sampling units of Posidonia oceanica and 1647 of Cymodocea nodosa. The simultaneous increase of microsatellite and geographic distances that emerges reveals a coherent pattern of isolation by distance in contrast to the chaotic pattern previously described using allele frequencies, in particular, for the long-lived P. oceanica. These results suggest that the lack of isolation by distance, rather than the resulting from rare events of large-scale dispersal, reflects at least for some species a stronger influence of mutation over migration at the scale of the distribution range. The global distribution of genetic polymorphism may, therefore, result predominantly from ancient events of step-by-step (re)colonization followed by local recruitment and clonal growth, rather than contemporary gene flow. The analysis of GDS appears useful to unravel the evolutionary forces influencing the dynamics and evolution at distinct temporal and spatial scales by accounting for phylogenetic information borne by microsatellites, under an appropriate mutation model. This finding adds nuance to the generalization of the influence of large-scale dispersal on the dynamics of seagrasses.  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue (up) Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 0022-1503 ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 1138  
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Auteur Amossé, J.; Bettarel, Y.; Bouvier, C.; Bouvier, T.; Tran Duc, T.; Doan Thu, T.; Jouquet, P. url  doi
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  Titre The flows of nitrogen, bacteria and viruses from the soil to water compartments are influenced by earthworm activity and organic fertilization (compost vs. vermicompost) Type Article scientifique
  Année 2013 Publication Revue Abrégée Soil Biology & Biochemistry  
  Volume 66 Numéro Pages 197-203  
  Mots-Clés Bacterial and viral abundance; Bacterial diversity; Compost; Dichogaster bolaui; Earthworms; Leaching; Organic fertilization; Vermicompost  
  Résumé  
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  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue (up) Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 0038-0717 ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 892  
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