bascule de visibilité Search & Display Options

Tout Sélectionner    Désélectionner
 |   | 
Détails
   print
  Enregistrements Liens
Auteur (up) Aires, T.; Moalic, Y.; Serrao, E.A.; Arnaud-Haond, S. url  doi
openurl 
  Titre Hologenome theory supported by cooccurrence networks of species-specific bacterial communities in siphonous algae (Caulerpa) Type Article scientifique
  Année 2015 Publication Revue Abrégée FEMS Microbiology Ecology  
  Volume 91 Numéro 7 Pages fiv067  
  Mots-Clés  
  Résumé The siphonous algae of the Caulerpa genus harbor internal microbial communities hypothesized to play important roles in development, defense and metabolic activities of the host. Here, we characterize the endophytic bacterial community of four Caulerpa taxa in the Mediterranean Sea, through 16S rRNA amplicon sequencing. Results reveal a striking alpha diversity of the bacterial communities, similar to levels found in sponges and coral holobionts. These comprise (1) a very small core community shared across all hosts (< 1% of the total community), (2) a variable portion (ca. 25%) shared by some Caulerpa taxa but not by all, which might represent environmentally acquired bacteria and (3) a large (>70%) species-specific fraction of the community, forming very specific clusters revealed by modularity in networks of cooccurrence, even in areas where distinct Caulerpa taxa occurred in sympatry. Indirect inferences based on sequence homology suggest that these communities may play an important role in the metabolism of their host, in particular on their ability to grow on anoxic sediment. These findings support the hologenome theory and the need for a holistic framework in ecological and evolutionary studies of these holobionts that frequently become invasive.  
  Adresse  
  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue en Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 1574-6941 ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 1407  
Lien permanent pour cet enregistrement
 

 
Auteur (up) Auguet, J.C.; Casamayor, E.O. doi  openurl
  Titre Partitioning of Thaumarchaeota populations along environmental gradients in high mountain lakes Type Article scientifique
  Année 2013 Publication Revue Abrégée FEMS Microbiology Ecology  
  Volume 84 Numéro 1 Pages 154-164  
  Mots-Clés amoA gene Euryarchaeota Freshwater Nitrogen Plankton SAGMGC  
  Résumé We investigated the spatial distribution and diversity of ammonia-oxidizing Archaea (AOA) across gradients of pH, trophic status and altitude in a set of high mountain lakes (Limnological Observatory of the Pyrenees, north-east Spain). Both phylogeny- and taxonomy-based approaches revealed well-defined AOA community patterns with pH as the main potential driving environmental factor. The I.1a and SAGMGC-1 Thaumarchaeota clusters, and their potentially associated amoA gene variants (clusters Fresh 5 and Soil/Fresh 1, respectively) showed highest relative abundances in the most oligotrophic lakes. Euryarchaeota (i.e. HV-Fresh cluster, Methanomicrobiales and Thermoplasmatales) dominated in lakes with higher trophic status. Phylogenetic diversity (PD) in Pyrenean lakes was 1.5- to 2.3-fold higher than the PD from an equivalent number of globally distributed marine and soil sites. We observed segregated distributions for SAGMGC-1, preferentially distributed in the lakes with the lowest pH (< 5) and the highest nitrite concentration (> 0.12 μm), and I.1a in lakes with lower nitrite and dissolved organic carbon concentrations below 0.5 mg L-1. Overall, these results showed strong selection by local environmental conditions, unveiled new ecological niches for freshwater SAGMGC-1 in low pH oligotrophic lakes, and suggested specific and successful adaptations of planktonic archaea to the high mountain lakes landscape. © 2012 Federation of European Microbiological Societies. Published by Blackwell Publishing Ltd. All rights reserved.  
  Adresse  
  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 1309  
Lien permanent pour cet enregistrement
 

 
Auteur (up) Bettarel, Y.; Bouvier, T.; Bouvier, C.; Carré, C.; Desnues, A.; Domaizon, I.; Jacquet, S.; Robin, A.; Sime-Ngando, T. url  doi
openurl 
  Titre Ecological traits of planktonic viruses and prokaryotes along a full-salinity gradient Type Article scientifique
  Année 2011 Publication Revue Abrégée FEMS Microbiology Ecology  
  Volume 76 Numéro 2 Pages 360-372  
  Mots-Clés  
  Résumé  
  Adresse  
  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 544  
Lien permanent pour cet enregistrement
 

 
Auteur (up) Catherine, A.; Quiblier, C.; Yepremian, C.; Got, P.; Groleau, A.; Vincon-Leite, B.; Bernard, C.; Troussellier, M. url  doi
openurl 
  Titre Collapse of a Planktothrix agardhii perennial bloom and microcystin dynamics in response to reduced phosphate concentrations in a temperate lake Type Article scientifique
  Année 2008 Publication Revue Abrégée Fems Microbiology Ecology  
  Volume 65 Numéro 1 Pages 61-73  
  Mots-Clés  
  Résumé  
  Adresse  
  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 0168-6496 ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 472  
Lien permanent pour cet enregistrement
 

 
Auteur (up) Chiarello, M.; Villeger, S.; Bouvier, C.; Bettarel, Y.; Bouvier, T. url  doi
openurl 
  Titre High diversity of skin-associated bacterial communities of marine fishes is promoted by their high variability among body parts, individuals and species Type Article scientifique
  Année 2015 Publication Revue Abrégée FEMS Microbiology Ecology  
  Volume Numéro Pages fiv061  
  Mots-Clés  
  Résumé Animal-associated microbiota of animals form complex communities, which are suspected to play crucial functions for their host fitness. However, the biodiversity of these communities, including their differences between host species and individuals, have been scarcely studied, especially in case of skin-associated communities. In addition, the intra-individual variability (i.e. between body parts) has never been assessed to date. The objective of this study was to characterize skin bacterial communities of two teleostean fish species, namely the European seabass (Dicentrarchus labrax) and gilthead seabream (Sparus aurata), using a high-throughput DNA sequencing method. In order to focus on intrinsic factors of host-associated bacterial community variability, individuals of the two species were raised in controlled conditions. Bacterial diversity was assessed using a set of four complementary indices, describing the taxonomic and phylogenetic facets of biodiversity and their respective composition (based on presence/absence data) and structure (based on species relative abundances) components. Variability of bacterial diversity was quantified at the interspecific, inter- and intra-individual scales. We demonstrated that fish surfaces host highly diverse bacterial communities, whose composition was very different from that of surrounding bacterioplankton. This high total biodiversity of skin-associated communities was supported by the important variability, between host species, individuals and the different body parts (dorsal, anal, pectoral and caudal fins).  
  Adresse  
  Auteur institutionnel Thèse  
  Editeur Lieu de Publication Éditeur  
  Langue en Langue du Résumé Titre Original  
  Éditeur de collection Titre de collection Titre de collection Abrégé  
  Volume de collection Numéro de collection Edition  
  ISSN 1574-6941 ISBN Médium  
  Région Expédition Conférence  
  Notes Approuvé pas de  
  Numéro d'Appel MARBEC @ isabelle.vidal-ayouba @ collection 1321  
Lien permanent pour cet enregistrement
Tout Sélectionner    Désélectionner
 |   | 
Détails
   print

Save Citations:
Export Records: