Micro-organismes et interactions avec les macro-organismes

, par Auguet Jean-Christophe, Villeger Sébastien

Représentants : Sébastien Villéger (CNRS) et Jean-Christophe Auguet (CNRS)

CONTEXTE

La connaissance de la diversité des organismes et de leurs interactions de type symbiotique, parasitisme ou commensale, est indispensable pour expliquer la coexistence des espèces, leurs distributions, leurs productivités et leurs capacités de résistance et de résilience. Ceci concerne aussi bien les interactions entre micro-organismes (des virus au méso-zooplancton) que les interactions entre micro- et macro-organismes.
Aujourd’hui, ces dernières représentent un champ de recherche émergeant qui vise à évaluer le rôle écologique des micro-organismes sur l’organisme hôte et en retour l’influence de l’organisme hôte sur les communautés microbiennes.

OBJECTIFS

  • Inventorier la diversité taxonomique, génétique et fonctionnelle des communautés de microorganismes, notamment pour mettre en évidence des associations entre espèces et identifier des espèces rares.
  • Comprendre l’influence des forçages environnementaux physico-chimiques et biotiques sur la structure, la distribution et la dynamique des communautés microbiennes et de leurs interactions.
  • Evaluer les effets des micro-organismes et de leur biodiversité sur la condition et l’état de santé des macroorganismes.
  • Quantifier le rôle des macro-organismes sur la structure et le fonctionnement des communautés microbiennes, qu’elles soient associées à l’hôte ou environnantes.

OBJETS ET ZONES D’ETUDE PRINCIPAUX

  • Zones d’étude : l’écosystème modèle est le système côtier soumis à une forte anthropisation (y compris estuaires, lagunes, lagons) et situé à des latitudes tempérées (Nord et Sud Méditerranée, Atlantique, Mer du Nord et tropicales (Afrique de l’Ouest, Ouest Océan Indien, Asie du Sud est).
  • Modèles biologiques : micro-organismes (zoo-, phytoplancton, bactéries, et virus) et macroorganismes (poissons, coraux, bivalves, plancton gélatineux).

APPROCHES

  • Acquisition des données (1) par des observations in situ (ponctuelles ou pérennes) et (2) via des expérimentations in vitro et in situ (cultures, nano à macro-échelles).
  • Méthodes : caractérisation physico-chimique des milieux, caractérisations biologiques/biochimiques et isotopiques (traceurs radioactifs, stables) des organismes et des communautés, méthodes d’empreinte moléculaire et de métagénomique d’inventaire de la diversité taxonomique et fonctionnelle, méthodes sur cellules ou individus isolés triés en microscopie ou par cytométrie en flux, techniques de marquage cellulaire, développement de capteurs d’activités microbiennes non intrusifs.
  • Analyses et Modélisation : analyse statistique de la biogéographie.

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LES PROJETS


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MARBEC MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation, est une unité de recherche qui regroupe des personnels de 4 organismes : l’IRD, l’Ifremer, l’UM et le CNRS. Son objectif est l’étude de la biodiversité marine des écosystèmes lagunaires, côtiers et hauturiers à différents niveaux d’intégration, depuis les aspects moléculaires, individuels, populationnels et communautaires, et des usages de cette biodiversité par l’Homme. Nous rejoindre