Modélisation

, par Shin Yunne-Jai, Simier Monique

Représentantes : Yunne-Jai Shin (IRD) et Monique Simier (IRD)

Les approches de modélisation sont omniprésentes dans l’UMR MARBEC, qu’elles soient de type mathématique, informatique, numérique ou statistique.
Compte tenu de la diversité des contextes (thèmes de recherche, échelles d’étude, nature des données…), des objectifs de recherche, et des domaines d’application, les travaux de modélisation conduits dans MARBEC font appel à des types de modèles très différents : modèles de processus biologiques et biogéochimiques, modèles écosystémiques et end-to-end, modèles de dynamique spatio-temporelle des populations, modèles statistiques de niches climatiques, modèles de trajectométrie, etc.
Leur réalisation suppose, dans tous les cas, la mise en oeuvre d’un panel varié de développements méthodologiques, de codes informatiques et de moyens qui doivent être communs aux thèmes afin de stimuler une synergie de recherche.
Le rôle du Pôle Modélisation est de mettre en place, coordonner et mutualiser de tels moyens techniques en support aux travaux de modélisation.
Parmi les besoins de MARBEC auxquels les actions du Pôle Modélisation peuvent répondre, nous pouvons citer par exemple :

  • Répertorier et maintenir des codes : nombre des codes informatiques et logiciels développés dans MARBEC (en R, Matlab, C, Java, Python, Fortran etc) sont des acquis scientifiques précieux qu’il est nécessaire de répertorier, maintenir, faire évoluer, distribuer au sein des équipes.
  • Développer et distribuer des codes/modèles : Certains codes informatiques, packages, logiciels et modèles, parfois très complexes, sont développés au sein de MARBEC, et distribués au-delà des frontières de l’UMR (e.g.,modèles écosystémiques Apecosm, Ichthyop, Osmose etc). Ce partage des modèles nécessite un travail technique conséquent de validation, maintenance, mise aux normes des codes, ainsi qu’une assistance technique aux utilisateurs.
  • Utiliser des plateformes de calcul intensif : certains travaux de modélisation dépendent de moyens de calculs importants (clusters Gorgone du CRH, Caparmor du Pôle Mer Brest etc) qui nécessitent un savoir-faire très spécialisé.
  • Ateliers méthodologiques : mise en place d’ateliers et de séminaires portant sur des méthodes informatiques, statistiques et numériques, facilitant la formation continue des personnels, le partage et le transfert des savoir-faire techniques en modélisation et analyses quantitatives au sein de l’UMR ainsi que vers nos partenaires et étudiants.

En 2016, nous inaugurons les Séminaires POMM (Pôle Modélisation de Marbec). Pas de calendrier fixe, nous avons déjà beaucoup de contraintes, nous fonctionnerons sur l’envie et les opportunités. Nous invitons des séminaires mettant l’accent sur les méthodes (statistiques, modélisation, logiciels, informatique).

Ces séminaires peuvent revêtir différentes formes :

  • revue de méthodes, état de l’art
  • présentation de nouvelles méthodes
  • applications d’une méthode
  • analyse critique d’articles
  • apprentissage logiciel
  • débat, etc

Le public n’étant pas nécessairement très averti, un minimum de pédagogie est bienvenu, d’autant plus si les méthodes présentées sont pointues.

Les objectifs sont multiples :

  • créer des échanges scientifiques autour de méthodes
  • enrichir la culture générale des personnels MARBEC et des étudiants en termes de méthodes en modélisation (statistique, mathématique, informatique), analyse de données, logiciels, programmation
  • présenter ses domaines de compétences quantitatives, proposer et susciter des collaborations
  • susciter des idées de projets, d’applications de méthodes

Trois formats sont proposés :

  • format séminaire de 1h, si possible dans le cadre des jeudis de MARBEC. La durée de la présentation est d’environ 30-40 minutes et 20 minutes de questions/discussion.
  • format cours : de 1/2 journée à 2 jours
  • format tutoriel : de 1/2 journée à 2 jours.

Toutes propositions sont les bienvenues !

MARBEC MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation, est une unité de recherche qui regroupe des personnels de 4 organismes : l’IRD, l’Ifremer, l’UM et le CNRS. Son objectif est l’étude de la biodiversité marine des écosystèmes lagunaires, côtiers et hauturiers à différents niveaux d’intégration, depuis les aspects moléculaires, individuels, populationnels et communautaires, et des usages de cette biodiversité par l’Homme. Nous rejoindre