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  • La chimie sur Abraços 2

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    Par Jérémy Devesa (UBO/Lemar)

    Les caractéristiques chimiques de la colonne d’eau influencent la répartition de certains groupes biologiques et inversement, la présence de certains organismes peut modifier certains paramètres chimiques de l’eau.

    La mesure des composants chimiques est donc un aspect important de la campagne ABRAÇOS 2. Pour échantillonner l’eau à différentes profondeurs nous utilisons une rosette munie de dix bouteilles ‘Niskin’ que l’on ferme à différents niveaux entre la surface et 1000 de profondeur.

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    Prélèvement d’eau pour titrage d’oxygène dissous sur une des bouteilles de la rosette - © Arnaud Bertrand



    Un composant clef analysé à bord est le dioxygène dissous. Celui-ci est fortement conditionné par les échanges océan-atmosphère mais aussi par l’activité des organismes. En effet, la photosynthèse augmente sa concentration alors que la respiration la diminue. C’est le premier élément à être prélevé à la remontée de la rosette car sa concentration se modifie très vite au contact de l’air. L’eau est échantillonnée en faisant le moins de bulles possible, dans un flacon en verre dans lequel sont introduits des réactifs qui vont transformer l’oxygène dissous en une forme stable qui pourra être dosée plus tard.

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    Titration de l’oxygène dans le laboratoire sec - © Arnaud Bertrand


    Les prélèvements pour les sels nutritifs sont ensuite réalisés. Ce sont des ions simples : le nitrate (NO3-), le phosphate (PO42-) et le silicate (SiO44-). Ces ions servent de matière première aux micro-organismes qui les utilisent pour se développer. Un échantillon d’eau qui servira aux dosages de tous ces ions est prélevé dans un flacon en plastique qui est ensuite mis à pasteuriser à 80°C pendant au moins 2h30.

    Par la suite, différents volumes d’eau sont prélevés et filtrés afin de récupérer la matière particulaire présente dans l’eau. En fonction du type de filtre, de son traitement et de sa conservation, on peut qualifier et/ou quantifier certains paramètres chimiques et biologiques :

    • La matière organique particulaire, qui correspond à la matière organique, vivante ou non. De retour au laboratoire, ces agrégats seront filtres et analysés en spectrométrie de masse pour déterminer leur contenu en carbone et azote.
    • La flore phytoplanctonique totale est déterminée à partir des signatures pigmentaires (par HPLC), mais aussi de filets verticaux de vide de maille 20 µm. La chlorophylle-a peut être considérée comme un indice de production de l’écosystème. Les communautés de très petite taille pico/nano plancton (bactéries) sont elles aussi échantillonnées à partir des bouteilles NISKIN pour être comptées par cryométrie en flux et caractériser par séquençage.
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      Rampe de filtration dans le laboratoire humide - © Arnaud Bertrand


    A lire aussi :

  • La représentation graphique des données

    Publié le :

    Séminaire/tutoriel à l’intention de tous ceux qui analysent des données, étudiants, ingénieurs, chercheurs...
    Ce séminaire se tiendra en salle Mont Saint Clair à l’Ifremer de Sète :

    • 9h-12h : Les principes de la représentation graphique des données - Le grand mythe des graphes par John M. Hoenig, Professor of Marine Science, en accueil dans l’UMR MARBEC
    • 14h-15h : The R Graph Gallery : tout ce que vous rêvez de savoir pour visualiser vos données avec R par Yan Holtz, bioinformaticien, auteur du site www.r-graph-gallery.com
    • 15h-16h30 : (venir avec son ordinateur portable) Atelier pratique : représentez vos données !

    Le thème de ce séminaire est la représentation graphique des données statistiques, qui consiste à résumer un jeu de données numériques à l’aide de diverses méthodes graphiques, afin d’en mettre en évidence de manière simplifiée la structure, les tendances... Les technologies de l’information et de la communication (TIC) parlent de datavisualisation (dataviz). La réalisation de graphiques destinés au grand public peut s’avérer délicate, car elle risque d’induire des distorsions de la réalité. Elle nécessite par conséquent le respect d’un certain nombre de règles (choix du type de graphe, des coordonnées, de l’échelle, des couleurs... ). Une bonne connaissance des différents types de graphes existants permet de faire le meilleur choix. Avec nos deux intervenants, nous aborderons lors de ce séminaire les bonnes pratiques de la représentation graphique des données et son application avec le langage R.

  • Abraços 2 : Observer la biodiversité pour mieux la préserver

    Publié le : , par Bertrand Arnaud

    Durant la première partie de la campagne Abraços nous utilisons un chalut de fond afin d’échantillonner les poissons, mollusques et crustacés benthiques. Les traits de chaluts ne durent que quelques minutes afin de limiter au maximum les impacts sur les communautés.

    Cet échantillonnage, couplé à des observations par acoustique, va permettre de cartographier la distribution des différentes communautés présentes en fonction des caractéristiques de l’habitat (sable, algues, récifs, etc.) et des conditions hydrologiques. Il s’agit, notamment, d’identifier les zones de plus forte biodiversité pour chaque type de communauté afin de fournir les informations permettant de mettre en place des mesures de protection en tenant compte de la biodiversité mais aussi des activités humaines, notamment de la pêche artisanale.

    Les organismes collectés lors d’un chalut sont congelés puis analysés au laboratoire à l’Université Fédérale Rurale du Pernambuco (UFRPE). Chaque individu est identifié, pesé et mesuré. Dans la plupart des cas les otolithes sont prélevés pour faire des études de croissance, les sexes déterminés et les estomacs prélevés. Enfin, un morceau de muscle est prélevé afin de réaliser des études isotopiques et de mesurer la concentration en mercure. Par ailleurs, certains exemplaires sont fixés au formol afin d’alimenter les collections des Universités Brésiliennes, notamment celle l’Université Fédérale du Pernambuco (UFPE).

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    Poisson globe (Diodon holocanthus) qui, bien que difficile à avaler, sert de proie aux barracudas - © Arnaud Bertrand


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    Quoi ma gueule, qu’est-ce qu’elle a ma gueule ? - © Arnaud Bertrand


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    Embarcation de pêche artisanale croisée durant la campagne - © Arnaud Bertrand


    A lire aussi : Campagne ABRAÇOS 2, c’est parti !

  • Campagne ABRAÇOS 2, c’est parti !

    Publié le : , par Bertrand Arnaud

    En octobre 2015 a eu lieu la première campagne multidisciplinaire Abraços (Acoustic along the Brazilian coast) dans le Nordeste Brésilien. Au vu du succès de cette campagne et de l’étendue des connaissances acquises, il y a eu consensus entre les équipes Brésiliennes et Françaises pour renouveler l’aventure. Abraços 2 c’est une saison différente, une campagne plus longue, une zone plus étendue et un protocole adapté afin de collecter encore plus de données.

    Du 9 avril au 8 mai 2017, à bord du N/O ANTEA de l’IRD, le groupe composé de chercheurs et étudiants Français, Brésiliens, Péruviens et Colombiens va donc étudier les compartiments physiques, chimiques et biologiques des écosystèmes côtiers et hauturiers du Nordeste Brésilien.

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    Trajet de la campagne Abraços 2 dans le Nordeste Brésilien - © Arnaud Bertrand


    Durant la campagne, une journée débute à 6h avec un profil (sonde CTD et rosette) pour mesurer les paramètres physico-chimiques jusqu’à 1000 m de fond. Puis c’est un chalut pélagique ou de fond, et enfin des prélèvements avec différents filets à plancton. Ces stations sont réalisées deux à trois fois par jour jusqu’à 22h environ pour les opérations, minuit voire bien plus tard pour les traitements. Par ailleurs sont prélevées en continue les données de courants (ADCP) jusqu’à 700 m de fond, des données acoustique, les paramètres météorologiques ainsi que les conditions de température et salinité superficielles.

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    Chargement du matériel, et déjà la tête dans les étoiles... - © Arnaud Bertrand


    Au second jour de navigation tout va bien à bord, et nous allons prochainement présenter les différentes activités que nous réalisons.
    À suivre…

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MARBEC MARine Biodiversity, Exploitation and Conservation, est une unité de recherche qui regroupe des personnels de 4 organismes : l’IRD, l’Ifremer, l’UM et le CNRS. Son objectif est l’étude de la biodiversité marine des écosystèmes lagunaires, côtiers et hauturiers à différents niveaux d’intégration, depuis les aspects moléculaires, individuels, populationnels et communautaires, et des usages de cette biodiversité par l’Homme. Nous rejoindre